本作ではオープニングにおいていきなり、従来の作品での最終目的であった魔王との対決が行われる。結果主人公たちは敗れ、その後場面は一転して山奥の村ライフコッドのベッドから転げ落ちているという演出がある。
このオープニングが夢なのか真実なのかはストーリーを進めていくことで明らかになっていく。
オープニング終了後、主人公は村長の依頼で、村祭りに必要な道具を取りに行くことになるが、その過程で主人公は大地に開いた大穴に落ちて別の世界へ。その世界では奇妙な体験をし、元の世界のライフコッドで話を聞くとその世界が「幻の大地」と言われる存在であることが分かる。
村祭りで精霊のお告げを聞いた主人公は、出会った仲間たちとともに魔王ムドー討伐の鍵となる「ラーの鏡」を探索する。そしてラーの鏡を発見して上の世界に戻るとムドーとの対決があり、勝利すると上の世界と下の世界の正体と関係が明かされる。そして現実世界で真のムドーに戦いを挑む。
ムドーを倒した後は、本当の自分自身を見つける旅、いわゆる「自分探しの旅」が始まる。
この後はどこへ行けとの指示を出されることは無く、以降しばらくは現在行くことのできる地域を順番に辿り、そこで起きる事件や出来事を解決していく形でストーリーが進む。
海底探索が可能になった後は行動範囲が広がり、4つの「伝説の武具」を集めることとなる。その過程で主人公は自分自身を見つけるという目標を達成する。
伝説の武具を全て揃えた後、神の城で大魔王デスタムーアの存在が明かされる。そしてはざまの世界へと向かい、大魔王との最終決戦に挑む。
（ドラゴンクエストVI 幻の大地:::Wikipediaより引用）
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